以往海关的改革大多局限于一个关区内部，跨区域的通关需要不同地区海关之间的协调。一体化改革最本质的变化是从根本上打破了地域限制和关区的行政界线，搭建起“一中心、四平台”，建立统一的虚拟一体化运作中心，以及实现统一的申报平台、统一的风险防控平台、统一的专业审单平台、统一的现场作业平台，最大亮点就是极大程度简化海关手续、降低物流成本、便利企业通关、节约社会资源，形成 “多地通关、如同一关”的通关一体化格局，这是改革开放以来海关最具革命性的变革。
丝绸之路经济带区域通关一体化改革整合集成了近年来海关推出和即将推行的大量改革措施，涉及海关各业务领域，对以往海关管理模式有几个重要突破：
一是企业自主选择。企业可以根据自身需求，自主选择申报口岸、通关模式和查验地点。如新疆的进出口企业从青岛口岸进口货物，可以根据自身需要选择向乌鲁木齐海关申报或是向青岛海关申报。同时，可选择口岸清关、转关，“属地申报、口岸验放”，“属地申报、属地放行”等不同的一体化通关方式，并可以选择在青岛或乌鲁木齐海关实施查验。
二是实现执法互认。对于守法状况良好的企业，在全区域范围内将统一纳入低风险企业类别管理，享受通关快速验放待遇。企业可在当地海关提前完成商品预审价、预归类、原产地预确定等海关专业认定，认定结果十关互认。许可证件签注口岸为区域内任一口岸的货物（有指定进出口口岸管理规定的除外），可在区内任一海关办理申报验放手续。企业凭一份税款保函、办理一次电子支付担保文书备案，即可在区域内十个海关互认通用。
三是允许代理报关企业“一地注册、多地报关”。比如在青岛注册的一家代理报关企业，改革前只能在本关区内也就是青岛海关报关。一体化后，企业可根据需要选择在青岛、济南、西安等区域内的任一海关报关，无需再在异地设分支机构及办理海关备案手续。
四是实现参数统一、集中审单。区域内货物通关的风险参数由海关总署风险参数中心青岛分中心统一设置，企业无论在区域内哪个现场申报，系统按照同样的参数标准进行判别，高风险报关单统一由设在青岛的区域审单中心负责审核。
五是全面实现电子放行。企业在申报地海关申报放行后，无需办理纸面签章放行手续，口岸监管场所、港务部门直接凭电子放行信息办理提货、发运手续。
六是建立多式联运监管模式。企业根据物流需求，自由选择空运、铁路、陆路等联运方式。对多式联运途中的货物换装、拆拼作业，不再分别进行转关申报。实行物流全程一次性查验，对换装地不改变施封状态的予以直接放行。
