市环保局自然生态保护科的主要职责是：拟定全市自然生态保护规划并监督实施；提出新建和调整各类自然保护区、生态功能保护区审批建议；指导、协调、监督全市自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全市生态状况评估；指导生态示范建设与生态农业建设；协调和监督生态破坏恢复整治、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治等工作；指导农村土壤污染、畜禽和水产养殖污染防治工作。
该科主抓的生态创建工作一直走在全省的前列，目前已创建完成1个省级生态县（新县）、 50个省级生态乡镇、84个省级生态村。同时，不断加大农村环境保护工作力度，积极申报实施农村环境连片综合整治项目。2011年，为信阳市争取到50个农村环境连片综合整治项目，主要是农村生活污水治理，目前已投入运行，有近26万农村人口直接受益。此外还参与实施全球环境基金赠款——淮河源生物多样性保护与可持续利用项目，有力推动了该项目的顺利实施。
多年来，该科始终以生态示范创建工作为主线，以农村环境连片综合整治工作为抓手，加强了生态环境保护工作，取得了优异的成绩，多次受到省市的好评。
